Inzwischen hat die Automatisierung die Wirkstofffindung revolutioniert und eine entscheidende Rolle in der Forschung übernommen. Besonders für die schnelle und effiziente Durchführung von repetitiven Aufgaben, die ein hohes Maß an Genauigkeit erfordern, eignet sich eine Automatisierung. Hierzu gehört auch das High Throughput Screening (HTS), bei dem vollautomatisch und roboterunterstützt große Substanzzahlen mit Hilfe geeigneter Verfahren getestet werden. Da das HTS eine Flut an Informationen liefert, sind Datenbanken und elektronische Analysewerkzeuge sowie informationstechnisch gestützte Analysen der Ergebnisse erforderlich.

In der Forschung und Entwicklung bei Boehringer Ingelheim erfolgt ein schnelles automatisches Screening von Tausenden von Verbindungen innerhalb kürzester Zeit mit Hilfe von HTS. Ein solches HTS-System kann in einer Woche hunderttausend und mehr Tests durchführen. HTS hat sich damit im Forschungsprozess zur Kerntechnologie entwickelt. Von den derzeit voll entwickelten Leitstrukturoptimierungsprogrammen bei Boehringer Ingelheim beruhen mehr als 60 Prozent auf Erfolgen des HTS.