Die deutsche High-Throughput Screening (HTS)-Gruppe erforscht in Zusammenarbeit mit der Abteilung Biophysik der Universität Ulm (Prof. Gerd Ulrich Nienhaus) neue Möglichkeiten zur extremen Miniaturisierung von biologischen Testungen im Rahmen der Einzelmolekülspektroskopie. Ziel für Boehringer Ingelheim ist es dabei, bei großen Testkampagnen Substanzen und Bioreagenzien einzusparen. In einer weiteren Kooperation mit der Universität Ulm soll die Anwendbarkeit von fluoreszenten Proteinen aus der Arbeitsgruppe von Dr. Jörg Wiedenmann auf Wirkstofftestungen in Zellen erprobt werden. Die HTS-Gruppe möchte sich auf diesem Weg neue Möglichkeiten eröffnen, Wirkstoffkandidaten auf zellulärem Niveau in breiterem Umfang zu charakterisieren.

Im Bereich der Naturstoffforschung besteht eine langjährige Zusammenarbeit mit der CyBio Screening GmbH zur Bereitstellung mikrobieller Naturstoffextrakte für das Screening. Darüber hinaus werden in einer Kooperation mit den Universitäten Tübingen und Newcastle auch Extrakte aus Mikroorganismen marinen Ursprungs untersucht. Weiterhin arbeitet Boehringer Ingelheim mit dem Shanghai Institute of Materia Medica eng zusammen mit dem Ziel, Extrakte aus chinesischen Pflanzen für die Suche nach Wirkstoffen zugänglich zu machen.

Auf dem Gebiet der Strukturforschung ist Boehringer Ingelheim engagiert als Mitglied des MePNet Konsortiums, das sich mit der Hochdurchsatz-Expressionsklonierung, Expression und Reinigung von humanen G-Protein gekoppelten Rezeptoren (GPCRs) befasst. Das Ziel dieses Konsortiums ist es, Kristalle von krankheitsrelevanten GPCRs zu generieren und schließlich zu atomar aufgelösten dreidimensionalen Strukturen dieser Rezeptoren zu gelangen. Die Strukturinformation kann zu einer zielgerichteten chemischen Optimierung von Rezeptorliganden genutzt werden (strukturbasiertes molekulares Design).

Im Rahmen von Hochfeld-NMR-Untersuchungen auf dem Gebiet der Nuklearen Hormon-Rezeptoren wird im Augenblick die Zuordnung und Lösungsstruktur der Ligandbindedomäne eines solchen Rezeptors in einer Kooperation mit der Universität Regensburg bestimmt.

Boehringer Ingelheim arbeitet außerdem mit den Universitäten Tübingen, Ulm und Greifswald zusammen, um aktuelle Forschungsergebnisse für die kombinatorische Chemie zu erschließen.